Covid-19 / SARS-Cov2 - naučne/medicinske informacije i analize

[wwww]

evo vam i jedan svedski profa:

 

plus britanski:

 

pa sami izvodite zakljucke

[wwww]

jos malo o Prof. Streeck-u:

mozete da ubacite engleski prevod.

 

evo od 31.3. (tad sam ga ja prvi put videla):

 

 

evo nastup 22.3. gde govori da je trebalo da se ceka s uvodjenjem mera, a ne da se sve zatvara:

interesantno je da je sad vrlo srecan sto se sve zivo otvara, a ne zalaze se da se postepeno otvara da bi moglo da se vidi koji je uticaj cega.

 

18.3. tvrdi da je doneto dovoljno mera i ne treba ih poostravati (niti dodavati i jednu):

kaze: on je bio u kontaktu s mnogo covid-19 pacijenata i samo je prao ruke i vodio racuna kako kaslje itd. i nije se inficirao (testirao se svaki dan)

Edited May 7, 2020 by wwww

[Angelia]

2 hours ago, nonick said:

 

 

Sta to zanci kod svakod slucaja "or"? Imali su Covid testove u Floridi oko nove godine?

 

Inace kupio sam neke masine u decembru i dealer (sales guy) je dosao kod nas kad su stigle masine prve nedelje u januaru. Ja ono rukovao i sve i posle kaze da je imao prehladu dve nedelje i u treceoj nedelji dobio upalu pluca. 🙂  

 

 

 

 

Nisam najbolje razumela iz clanka sta misle sa tim "or", da li su to oni koji su testirani od uzoraka za taj datum, ili su hteli da kazu da su neki imali simptome a neki testirani. Ili da kad su kasnije testirani otkriveno je da je korona.

[𝓑𝓪𝓫𝔂]

3 hours ago, nonick said:

 

 

Sta to zanci kod svakod slucaja "or"? Imali su Covid testove u Floridi oko nove godine?

 

Inace kupio sam neke masine u decembru i dealer (sales guy) je dosao kod nas kad su stigle masine prve nedelje u januaru. Ja ono rukovao i sve i posle kaze da je imao prehladu dve nedelje i u treceoj nedelji dobio upalu pluca. 🙂  

 

 

 

"Or" verovatno znaci da su naknadno dosli do rezultata kod nekih koji su imali simptome u to vreme i negde su bili registrovani. Prvi prijavljen slucaj u Floridi je bio 1. marta, a tek dosta kasnije, tipa bar 10 i vise dana je pocela organizacija oko testiranja. Sumnjam da su imali testove pre toga, jer dosta dugo je bio problem (jos uvek je) da se testiras.

[handys]

https://arstechnica.com/science/2020/05/a-lot-of-covid-19-papers-havent-been-peer-reviewed-reader-beware/

 

But another major factor has been the rise of what we call a preprint—an academic research paper that's posted to a publicly accessible server in advance of it having gone through the traditional process of peer review. When unvetted science that makes bold claims goes straight to the public, that can cause problems

 

Ovo je deo problema sa naukom koji pratim vec dosta dugo. Iako bi se ocekivalo da su nauke postedjene proizvoljnosti, nazalost nije tako. Utvrdilo se pre neko vreme da preko 50% rezultata objavljenih u medicinskim casopisima u prethodnih 40 godina ne moze biti ponovljeno. U psihologiji postoje ogromni problemi sa manipulacijama p-faktorom, tj. prikazivanje slabih korelacija kao lakih. U eri koja mnogo polaze na big data i statistiku, izgubi se iz vida cinjenica da nijedan podatak sam po sebi ne govori nista. Uvek postoji zahtev da se podaci interpretiraju na odredjen nacin i toga nisu postedjene ni soft nauke ni ove koje se tradicionalno uzimaju kao metodoloski cvrste, kao fizika. Pored toga sto intuitivno lako potpadamo pod niz problema u rasudjivanju, uslovljenih raznim greskama zasnovanim na cognitive bias-u, javlja se jos jedan problem, a to je finansiranje nauke. Ovde ne mislim na ono glupo 'ko te placa', vec na proces pisanja i dobijanja novca za projekte. Tu postoji jedno usko grlo koje se nedovoljno problematizuje, a to je da po komisijama za dodelu cesto sede ljudi koji nisu direktno iz oblasti za koju se pise predlog. Na primer, nece uvek za projekat iz mikrobiologije sedeti u komisiji mikrobiolog. U uslovima konkurencije, pored kvaliteta, da bi se istakli, naucnici cesto precenjuju snagu doprinosa, preambiciozno postavljaju ciljeve, i potom kada se rezultati ne poklapaju sa time pokusavaju, cak ne ni namerno, da naknadno uklope interpretaciju sa ciljevima.

U ovakvoj situaciji, cinjenica da mozes da postavis bilo kakav rad u preprint, i da ce to da dodje do novinara i sire javnosti, spojeno sa cinjenicom da takve radove oni ne znaju kako da citaju suptilno, javice se bombasticni naslovi koji od jedne sugestije, najave ili nedovoljno obrazlozenog zakljucka prave gotovu cinjenicu. Onda ce publika da klikce, sajtovi dobijaju novac od adwordsa i svima lepo. Naucnici, sto je poseban problem, znaju to, pa i sami, radi publiciteta, koji moze doneti kasnije beneficije, imaju tendenciju da isticu svoje radove u prvi plan. Kao sto rekoh, to cesto i ne mora biti plod sracunate zelje da se neko obmane, vec prirodne zelje da u uslovima ostre konkurencije izbijes u prvi plan. Zato danas imamo mnostvo naslova o tome kako se sve leci ova bolest, sta je sve misteriozno u vezi sa njom, i uopste poplavu 'informacija' koje ce verovatno vec za par meseci, ako ne nedelja ili cak dana, biti opovrgnute.

Problem je i u tome sto smo odrastali citajuci informacije u udzbenicima i knjigama. Ono sto smo citali bili su konacni rezultati istih ovakvih procesa istrazivanja i navikli smo da kada citamo nesto o nauci citamo to kao konacne rezultate. S druge strane, ono sto zapravo imamo prilike da vidimo, je proces naucnog istrazivanja kako se odvija gotovo uzivo. Svaki preliminarni uvid koji se objavi je samo to, hipoteza (koju i dalje 90% javnosti ne razlikuje o teorije) koja jos nema dovoljno potvrda, niti znamo kakvu ima prediktivnu snagu. Pa ipak, zbog te stecene navike da tretiramo informacije iz naucnog sveta kao nesto gotovo, sada smo skloni da kad cujemo lekara da kaze 'ovo smo pronasli i ovo nam se cini' pomislimo da je to nesto sto je gotova stvar, isto kao sto je bilo i kad smo ucili u skoli.

Zato mora da postoji neki buffer izmedju javnosti i naucnika, novinari koji imaju zaledje u nauci, znaju kako naucni proces funkcionise i mogu da to priblize na pitak i zanimljiv nacin publici. Da skole necemu sluze, o tome bi se govorilo u kasnoj osnovnoj skoli i u srednjim skolama, a ucenci bi sticali naucnu pismenost i mogli bi da sami procene sta je bombastican naslov a sta je realno postignuce. Umeli bi da prepoznaju senzacionalizam i prosto bi zaobilazili takve vesti. Bez klikova, one bi se sasule i uvenule i ne bismo imali ovaj problem. Umesto toga, imamo ambroziju koja raste na sve strane. To nije nista novo, ali je tokom pandemije posebno naraslo tako sto su preprintovi ukljucili naucno nepismenu javnost i, nazalost novinare, u taj proces, i dodatno ga izvrnuli neopravdanom bombasticnoscu.

[melankolic]

https://arstechnica.com/science/2020/05/a-lot-of-covid-19-papers-havent-been-peer-reviewed-reader-beware/
 
But another major factor has been the rise of what we call a preprint—an academic research paper that's posted to a publicly accessible server in advance of it having gone through the traditional process of peer review. When unvetted science that makes bold claims goes straight to the public, that can cause problems
 
Ovo je deo problema sa naukom koji pratim vec dosta dugo. Iako bi se ocekivalo da su nauke postedjene proizvoljnosti, nazalost nije tako. Utvrdilo se pre neko vreme da preko 50% rezultata objavljenih u medicinskim casopisima u prethodnih 40 godina ne moze biti ponovljeno. U psihologiji postoje ogromni problemi sa manipulacijama p-faktorom, tj. prikazivanje slabih korelacija kao lakih. U eri koja mnogo polaze na big data i statistiku, izgubi se iz vida cinjenica da nijedan podatak sam po sebi ne govori nista. Uvek postoji zahtev da se podaci interpretiraju na odredjen nacin i toga nisu postedjene ni soft nauke ni ove koje se tradicionalno uzimaju kao metodoloski cvrste, kao fizika. Pored toga sto intuitivno lako potpadamo pod niz problema u rasudjivanju, uslovljenih raznim greskama zasnovanim na cognitive bias-u, javlja se jos jedan problem, a to je finansiranje nauke. Ovde ne mislim na ono glupo 'ko te placa', vec na proces pisanja i dobijanja novca za projekte. Tu postoji jedno usko grlo koje se nedovoljno problematizuje, a to je da po komisijama za dodelu cesto sede ljudi koji nisu direktno iz oblasti za koju se pise predlog. Na primer, nece uvek za projekat iz mikrobiologije sedeti u komisiji mikrobiolog. U uslovima konkurencije, pored kvaliteta, da bi se istakli, naucnici cesto precenjuju snagu doprinosa, preambiciozno postavljaju ciljeve, i potom kada se rezultati ne poklapaju sa time pokusavaju, cak ne ni namerno, da naknadno uklope interpretaciju sa ciljevima.
U ovakvoj situaciji, cinjenica da mozes da postavis bilo kakav rad u preprint, i da ce to da dodje do novinara i sire javnosti, spojeno sa cinjenicom da takve radove oni ne znaju kako da citaju suptilno, javice se bombasticni naslovi koji od jedne sugestije, najave ili nedovoljno obrazlozenog zakljucka prave gotovu cinjenicu. Onda ce publika da klikce, sajtovi dobijaju novac od adwordsa i svima lepo. Naucnici, sto je poseban problem, znaju to, pa i sami, radi publiciteta, koji moze doneti kasnije beneficije, imaju tendenciju da isticu svoje radove u prvi plan. Kao sto rekoh, to cesto i ne mora biti plod sracunate zelje da se neko obmane, vec prirodne zelje da u uslovima ostre konkurencije izbijes u prvi plan. Zato danas imamo mnostvo naslova o tome kako se sve leci ova bolest, sta je sve misteriozno u vezi sa njom, i uopste poplavu 'informacija' koje ce verovatno vec za par meseci, ako ne nedelja ili cak dana, biti opovrgnute.
Problem je i u tome sto smo odrastali citajuci informacije u udzbenicima i knjigama. Ono sto smo citali bili su konacni rezultati istih ovakvih procesa istrazivanja i navikli smo da kada citamo nesto o nauci citamo to kao konacne rezultate. S druge strane, ono sto zapravo imamo prilike da vidimo, je proces naucnog istrazivanja kako se odvija gotovo uzivo. Svaki preliminarni uvid koji se objavi je samo to, hipoteza (koju i dalje 90% javnosti ne razlikuje o teorije) koja jos nema dovoljno potvrda, niti znamo kakvu ima prediktivnu snagu. Pa ipak, zbog te stecene navike da tretiramo informacije iz naucnog sveta kao nesto gotovo, sada smo skloni da kad cujemo lekara da kaze 'ovo smo pronasli i ovo nam se cini' pomislimo da je to nesto sto je gotova stvar, isto kao sto je bilo i kad smo ucili u skoli.
Zato mora da postoji neki buffer izmedju javnosti i naucnika, novinari koji imaju zaledje u nauci, znaju kako naucni proces funkcionise i mogu da to priblize na pitak i zanimljiv nacin publici. Da skole necemu sluze, o tome bi se govorilo u kasnoj osnovnoj skoli i u srednjim skolama, a ucenci bi sticali naucnu pismenost i mogli bi da sami procene sta je bombastican naslov a sta je realno postignuce. Umeli bi da prepoznaju senzacionalizam i prosto bi zaobilazili takve vesti. Bez klikova, one bi se sasule i uvenule i ne bismo imali ovaj problem. Umesto toga, imamo ambroziju koja raste na sve strane. To nije nista novo, ali je tokom pandemije posebno naraslo tako sto su preprintovi ukljucili naucno nepismenu javnost i, nazalost novinare, u taj proces, i dodatno ga izvrnuli neopravdanom bombasticnoscu.

Najveći problem, po meni, što se tiče informisanja građana jeste to što novinari koji prate ovu pandemiju (primećujem) nisu upućeni u temu nego samo pasivno prenose informacije stručnjaka (bolji slučaj) ili kopiraju vesti sa drugih info- portala. Njima kao da je svejedno da li će izveštavati sa sednica skupšine, korupcionaških afera ili o pandemiji. To je jedan prevaziđen način informisanja javnosti gde novinar samo sedne pred računar i pretražuje vesti ili šalje mejlove institucijama.
Neće se taj / ta baš ubiti da otvori neku knjigu iz epidemilogije i virusologije, pročita nešto na sajtu CDC- a ili WHO (u najboljem slučaju će pratiti statistiku na worldometersu).
Zato tu nastupaju razni “stručnjaci” i stručnjaci koji sve dovode u pitanje i balansiraju između nadrilekarstva i oficijelne nauke.
Čak i u idealnim uslovima, uvek će biti mnogo onih koji će sve dovoditi u pitanje. Evo u ovom konkretnom slučaju, s razlogom se može dovesti u pitanje način uzorkovanja, kompetentnost zdravstvenih radnika, ali i kredibilnost rezultata sprovedenih mera.

[sasa965]

2 hours ago, handys said:

Ovo je deo problema sa naukom koji pratim vec dosta dugo. Iako bi se ocekivalo da su nauke postedjene proizvoljnosti, nazalost nije tako. Utvrdilo se pre neko vreme da preko 50% rezultata objavljenih u medicinskim casopisima u prethodnih 40 godina ne moze biti ponovljeno. U psihologiji postoje ogromni problemi sa manipulacijama p-faktorom, tj. prikazivanje slabih korelacija kao lakih. U eri koja mnogo polaze na big data i statistiku, izgubi se iz vida cinjenica da nijedan podatak sam po sebi ne govori nista. Uvek postoji zahtev da se podaci interpretiraju na odredjen nacin i toga nisu postedjene ni soft nauke ni ove koje se tradicionalno uzimaju kao metodoloski cvrste, kao fizika.

Ili imamo i ovakav slučaj

https://www.dailykos.com/stories/2018/10/3/1801103/-The-2018-Nobel-Prize-in-Chemistry-Fifth-Woman-to-Win-Prize-in-118-years

a onda se desi i ovo

https://science.sciencemag.org/content/367/6474/155.1

Hrabro i pošteno.

Samo kako je uopšte dobila nagradu?

[ciao]

Znamo i da nekad naucni radovi "cekaju" da bi bili publikovani po nekoliko meseci, referees traze da se nesto proveri, pojasni, drugacije prezntuje, a i sam proces traje, nije kao tekst u novinama napises danas a sutra je publikovano u elitnom casopisu itd. Nisam htela da stavljam ove rezultate Raoult-ove "velike" studije sa 1061 pacijenata dok ne budu zvanicno publikovani ali stavicu ipak naslov i tabelu koja moze da se cita koga interesuje

 

https://www.mediterranee-infection.com/wp-content/uploads/2020/04/Abstract_Raoult_EarlyTrtCovid19_09042020_vD1v.pdf

 

https://www.mediterranee-infection.com/wp-content/uploads/2020/04/Table_final_website_IHU_09_04_2020.pdf

[zakkturbo]

Naučni radovi i njihovo publikovanje su posebna kategorija, a sa recenzentima je bilo i dobrih iskustava, kada stvarno svojim objektivnim pristupom poboljša kvalitet rada, a bilo je (mnogo manje) i malicioznih recenzija. Koleginica moja koja se na ozbiljan način bavi problemima recenziranja i publikovanja, kaže da je bila poprilično iznenađena priznanjem nekih kolega iz inostranstva da mnogo teže prolaze radovi iz Istočne Evrope i ako shvate da su žene radile i pisale rad bude još teže. 

Da ima svega u nauci ima, a to je stvoreno delimično i pritiskom publish or perish i matematičkim prikazom naučnog učinka (bar u Srbiji).

Što se naučnog novinarstva tiče, Institut za fiziju je imao osobu koje se time bavi (nadam se još uvek). Kod nas je prevedena knjiga Uvod u naučno novinarstvo Martina Anglera (nisam je još uvek pročitala).  

[handys]

Da, publish or perish stvara ogroman pritisak za produkovanjem rezultata. Tu je i problem otvorenosti naucnih rezultata studentima i perspektivnim naucnicima zbog toga sto su cene casopisa sve vece. Citao sam cak da su marze izdavaca ogromne. Dok je Djelic bio ministar nauke, dok je uopste to bilo posebno ministarstvo, KoBSON je krenuo da placa za nase pojmove ne male sume da ucini dostupnim casopise institucijama. Nastavnici i istrazivaci su i od kuce imali pristup, a studenti na fakultetu i u vecim bibliotekama. Posle se za Zarka Obradovica to polako smanjivalo i sad je negde ostalo na tom nivou. Ali bar jos uvek postoji pristup.

Inace, koliko znam, postoji taj H indeks koji se svuda uzima vrlo ozbiljno, posebno u Americi. S druge strane, pricali su mi Englezi da je tamo malo drukcije. Kada se neko prijavljuje za poziciju, obrazuje se komisija profesora iz te oblasti koji rade sirom zemlje (i obavezno ne sa tog univerziteta) i procenjuju dotadasnje radove. Nema posebnih kvantitativnih zahteva, tako da se moze unaprediti i neko ko nije napisao znacajnije delo do tad, ako se procenjuje da ono na cemu trenutno radi moze biti veoma znacajno. Sad, to se nije odnosilo na ove hard sciences, ali zanimljiv je kontrast.

Sto se problema recenziranja tice, cuo sam i ja da postoji bias, ali iskreno tekstovi koje sam citao dosta su sareni. Ima tu i vrhunskih profesora, ali i doktoranata, side by side u istom casopisu, jedan pa drugi. Mozda zavisi od konkretnog casopisa, i urednika. Znam da postoji princip double blind recenzije, ali koliko se postuje, pitanje je. Znam iz prve ruke da recimo u mikrobiologiji postoji i tzv politicki aspekt bavljenja naukom. On se sastoji u tome da profesor koji vodi projekat zapravo sve vreme radi na sirenju kontakata i dobijanju novih i novih grantova, a mladji se bave samim istrazivanjima, a onda se on pridruzi u spisku autora. Znam da je tako i u nekim drugim oblasitma, ali nisam siguran da bih smeo da ekstrapoliram da je svuda. U humanistickim naukama svakako ima i toga dosta, ali eto i u necemu tako egzaktnom kao sto je mikrobiologija.

Ali cini mi se da sam nehotice skrenuo ovu konkretnu temu u dosta sirok offtopic, pa cu stati i postaviti link za jedan koristan clanak.

 

https://www.scientificamerican.com/article/virus-mutations-reveal-how-covid-19-really-spread1/

Edited May 7, 2020 by handys

[wwww]

37 minutes ago, handys said:

https://www.scientificamerican.com/article/virus-mutations-reveal-how-covid-19-really-spread1/

da stavimo i ovu slicicu, mislim da je interesantna:

 

[wwww]

U Hamburgu su poceli da vrse obdukcije preminulih (preko 170) od covid-19. Nasli su i neke zapaljenske promene na mozgu, nasli su virus cak i na mreznjaci. Uglavnom, najzanimljiviji rezultat obducija je da su u mnogim slucajevima nasli trombozu u nogama (preko 50%) i smrtonosnu emboliju pluca (kaze kod 1/3 pacijenata, a kasnije kaze da je kod 20% ovo bio i uzrok smrti), iz cega sledi da bi trebalo koristiti medikamente za razredjivanje krvi (heparin). Svajcarci su kao isto primetili.

Ovo sam cula i na CNN, znaci do istog rezultata su dosli i u USA.

Pretpostavljam da postoje kriticni pacijenti kojima ne sme da se daje heparin (kazu da razmisljaju da pacijentima koji dodju u bolnicu profilakticki daju heparin).

 

Elem, pre koju sedmicu sam gledala neki animirani filmic (mislim da je Quarks to radio) gde su objasnjavali sta se desava s virusom, kako ulazi u grlo, pa se spusta na pluca i onda sta dalje radi. U tom animiranom videu su pominjali i zacepljenje krvnih sudova, tako da je meni kao totalnom laiku palo na pamet da bi eto bilo mozda zgodno da se pacijentima pred ovu fazu malcice da neki razredjivac krvi (medikament, ne onaj razredjivac za farbu i slicno , da napomenem da ne shvatite ra Trampujem).

 

@vanjabarsa sigurno moze mnogo vise da kaze na ovu temu i da ispravi moje laicko prepricavanje vesti s tv.

 

[Eddard]

^

Evo originalnog rada, pa ko želi, može da pročita:

 

https://annals.org/aim/fullarticle/2765934/autopsy-findings-venous-thromboembolism-patients-covid-19-prospective-cohort-study

 

Btw, radi se o “samo” 12 uzastopnih pacijenata koji su (od tih 170 obdukovanih) uključeni u studiju.

 

Što se profilakse tromboze tiče, kod nas se bukvalno svakom ko malo više leži u bolnici rutinski daju heparini.

Edited May 7, 2020 by Eddard

[ciao]

1 hour ago, Eddard said:

^

Evo originalnog rada, pa ko želi, može da pročita:

 

https://annals.org/aim/fullarticle/2765934/autopsy-findings-venous-thromboembolism-patients-covid-19-prospective-cohort-study

 

Btw, radi se o “samo” 12 uzastopnih pacijenata koji su (od tih 170 obdukovanih) uključeni u studiju.

 

Što se profilakse tromboze tiče, kod nas se bukvalno svakom ko malo više leži u bolnici rutinski daju heparini.

 

Procitah rad , interesovalo me u kakvom su stanju bili pre dobijanja korone, koliko vidim koronavirus ne oprasta ako postoji neki morbiditet, s druge strane ohrabruje to sto po svoj prilici (ako ja to dobro razumem uopste) neko ko je u pristojnom zdravstvenom stanju pre dobijanja korone uspeva izgleda da se izvuce, sa manje ili vise borbe ali izvuce se

 

 

"... The median age of the 12 patients included in this study was 73 years (interquartile range, 18.5); 25% were women. For all patients, preexisting chronic medical conditions, such as obesity, coronary heart disease, asthma or chronic obstructive pulmonary disease, peripheral artery disease, diabetes mellitus type 2, and neurodegenerative diseases, could be identified (Table 1).  ..."

[wwww]

1 hour ago, wwww said:

U Hamburgu su poceli da vrse obdukcije preminulih (preko 170) od covid-19. Nasli su i neke zapaljenske promene na mozgu, nasli su virus cak i na mreznjaci. Uglavnom, najzanimljiviji rezultat obducija je da su u mnogim slucajevima nasli trombozu u nogama (preko 50%) i smrtonosnu emboliju pluca (kaze kod 1/3 pacijenata, a kasnije kaze da je kod 20% ovo bio i uzrok smrti), iz cega sledi da bi trebalo koristiti medikamente za razredjivanje krvi (heparin). Svajcarci su kao isto primetili.

Ovo sam cula i na CNN, znaci do istog rezultata su dosli i u USA.

Pretpostavljam da postoje kriticni pacijenti kojima ne sme da se daje heparin (kazu da razmisljaju da pacijentima koji dodju u bolnicu profilakticki daju heparin).

 

Elem, pre koju sedmicu sam gledala neki animirani filmic (mislim da je Quarks to radio) gde su objasnjavali sta se desava s virusom, kako ulazi u grlo, pa se spusta na pluca i onda sta dalje radi. U tom animiranom videu su pominjali i zacepljenje krvnih sudova, tako da je meni kao totalnom laiku palo na pamet da bi eto bilo mozda zgodno da se pacijentima pred ovu fazu malcice da neki razredjivac krvi (medikament, ne onaj razredjivac za farbu i slicno , da napomenem da ne shvatite ra Trampujem).

 

@vanjabarsa sigurno moze mnogo vise da kaze na ovu temu i da ispravi moje laicko prepricavanje vesti s tv.

 

Evo ga video:

na 6:00 pocinje objasnjenje sta radi virus u plucima, a na 7:10 pocinje objasnjenje o zacepljenju krvnih sudova.

[ciao]

8 hours ago, zakkturbo said:

Naučni radovi i njihovo publikovanje su posebna kategorija, a sa recenzentima je bilo i dobrih iskustava, kada stvarno svojim objektivnim pristupom poboljša kvalitet rada, a bilo je (mnogo manje) i malicioznih recenzija. Koleginica moja koja se na ozbiljan način bavi problemima recenziranja i publikovanja, kaže da je bila poprilično iznenađena priznanjem nekih kolega iz inostranstva da mnogo teže prolaze radovi iz Istočne Evrope i ako shvate da su žene radile i pisale rad bude još teže. 

Da ima svega u nauci ima, a to je stvoreno delimično i pritiskom publish or perish i matematičkim prikazom naučnog učinka (bar u Srbiji).

Što se naučnog novinarstva tiče, Institut za fiziju je imao osobu koje se time bavi (nadam se još uvek). Kod nas je prevedena knjiga Uvod u naučno novinarstvo Martina Anglera (nisam je još uvek pročitala).  

 

Van topika je ali kad ste vec poceli par komentara -odgovora posto sam u tome duze nego vi ocigledno :

Nije toliko problem samo po sebi sto je u pitanju istocna evropa ali je uvek pozeljno da se medju autorima nalazi bar jedan poznat i priznat autor, a to je najcesce neko iz poznatijih laboratorija, vecih zemalja i sl - vrlo je tesko poceti i napraviti neko ime, ako si u poznatoj laboratoiji to je vec lakse, a kad pocnes da imas svoje reference u dobrim casopisima onda to ide, ali stoji da je pocetak tezak, zato je dobro ici negde na doktorske ili postdoktorske studije ako se zeli ici u tom pravcu; Za zene nije tacno, ima bitno manje zena u nauci nego muskih to stoji ali kao prvo po inicijalu imena na radu se ne zna da li je zena ili musko a sem toga u poslednje vreme je vrlo fancy insistirati na ravnopravnosti i cak ima i prednosti biti zena jer se cesto istice da treba paritet za predavanja na konferencije, mesta na faku i sl, znaci  nekad je bio problem i to vrlo ozbiljan ali sada sve manje,  cak naprotiv.

 

7 hours ago, handys said:

 

Inace, koliko znam, postoji taj H indeks koji se svuda uzima vrlo ozbiljno, posebno u Americi. S druge strane, pricali su mi Englezi da je tamo malo drukcije. ove. Kada se neko prijavljuje za poziciju, obrazuje se komisija profesora iz te oblasti koji rade sirom zemlje (i obavezno ne sa tog univerziteta) i procenjuju dotadasnje radNema posebnih kvantitativnih zahteva, tako da se moze unaprediti i neko ko nije napisao znacajnije delo do tad, ako se procenjuje da ono na cemu trenutno radi moze biti veoma znacajno. Sad, to se nije odnosilo na ove hard sciences, ali zanimljiv je kontrast.

 

Sto se problema recenziranja tice, cuo sam i ja da postoji bias, ali iskreno tekstovi koje sam citao dosta su sareni. Ima tu i vrhunskih profesora, ali i doktoranata, side by side u istom casopisu, jedan pa drugi. Mozda zavisi od konkretnog casopisa, i urednika. Znam da postoji princip double blind recenzije, ali koliko se postuje, pitanje je. Znam iz prve ruke da recimo u mikrobiologiji postoji i tzv politicki aspekt bavljenja naukom. On se sastoji u tome da profesor koji vodi projekat zapravo sve vreme radi na sirenju kontakata i dobijanju novih i novih grantova, a mladji se bave samim istrazivanjima, a onda se on pridruzi u spisku autora. Znam da je tako i u nekim drugim oblasitma, ali nisam siguran da bih smeo da ekstrapoliram da je svuda. U humanistickim naukama svakako ima i toga dosta, ali eto i u necemu tako egzaktnom kao sto je mikrobiologija.

 

 

Za izbore je vrlo slicno je i u Francuskoj.

Pretpostavljam da mislis na autore radova da ima doktoranata i profesora , ne za recenziranje? Na radovima uvek imas starije i doktorante i mladje medju recenzentima nema mladjih nego samo starijih. U poznatim casopisima uvek postoji double blind recenzija i postuje se vrlo rigorozno.

To sto zoves politikom ja ne bih rekla da je to politika - to je jednostavno manje vise tako u svim naucnim laboratorijama na zapadu, mikrobiologija, fizika, hemija..- imas starije, poznatije koji treba da nabave finansiranje, predloze projekte, ideje itd i imas doktorante , postdoktorante, mladje koji rade - manje ili vise su samostalni ali uglavnom su "stariji" ti koji definisu problematiku, resavaju probleme kad naidju, kontrolisu, itd, stariji su nekad bili mladji a mladji posepeno postaju stariji 

Jedan naucni rad je skoro uvek rezultat saradnje, broj ljudi koji potpisuje rad zavisi vrlo od tipa rada, obicno ima vise autora na eksperimentalnim radovima nego na teorijskim jer je takav "posao" a zavisi i od oblasti i tipa eksperimenata.

 

Ovaj post je skroz digresija jer nema veze sa koronom ali ima veze sa naukom pa mozda moze i da ostane na topiku ovde kad je vec pocelo, a necemo vise 😀

 

 

 

[melankolic]

U jednoj randomiziranoj, dvostrukoslepoj i placebo- kontrolisanoj multicentričnoj studiji u 10 bolnica u Hubei (Kina) uporedili su istraživači efekat remsedivira sa placebom. Studija je obuhvatala hospitalizovane pacijente od 18 godina i starije tretirani oksigenom terapijom od 94 % ili manje i radiološki potvrđenom pneumonijom. Osim remsedivir / placebo tretmana, pacijentima je istovremeno bila dostupna terapija lopinavir- ritonavirom, interferonima odnosno kortikosteoridima. Primarna krajnja tačka je bilo vreme poboljšanja kliničke slike sve do 28. dana ili otpuštanja iz bolnice.

Studijom je obuhvaćeno 237 pacijenata, 158 na remsediviru i 79 na placebu. Terapija na remsediviru nije dalo nikakvo poboljšanje u kliničkoj slici u poređenju sa onima koji su bili na placebu. Među pacijentima sa varijabilnim simptomima manje ili 10 dana od uključivanja terapije, davao je remsedivir nešto kraće vreme do kliničkog poboljšanja ali ne od statističkog značaja. Neželjeni efekti terapije su registrovani kod 102 pacijenta (66 %) od onih koji su primali remsedivir i 50 (64 %) od 72 koji su primali placebo.

Zaključeno je da remsedivir nije dao statistički značajnija poboljšanja, ali se pretpostavlja da postoji mogućnost da oni koji su rano započeli s terapijom po pojavi simptoma ova terapija vodi ka značajnijem efektu na kliničku sliku (mora se konačno potvrditi kroz veće studije).

[Laki21]

Pa valjda je poenta korošćenja remsedivira baš u tretiranju pacijenata sa težom kliničkom slikom i u odmaklijem stadijumu bolesti? Za one u početnom stadijumu vidim da sada svi daju chloroquine i sumamad (+ D vitamin, cink...)?

[wwww]

 

https://m.en24.news/en/2020/05/corona-pandemic-has-the-virus-been-around-since-autumn-knowledge.html

 

Quote

A team of genetics and archaeologists from Cambridge, Münster and Kiel led by the brothers Peter and Michael Forster has tried to understand the origin and spread of the novel corona virus by analyzing changes in the genetic material of the pathogen. In a so-called phylogenetic network analysis of 160 complete human Sars-CoV-2 genomes, which were documented in an internationally accessible database from the beginning of the outbreak in late 2019 to March 2020, the researchers found three different strands of the virus, which they named A, B and C have designated.

 

According to comparisons with the closely related bat coronavirus, type A is the original version of the human coronavirus. All other types emerged later, which can be seen from the sequence of changes in the genome. In Wuhan, however, the city in central China, where, according to the official version of the Chinese government, the epidemic had its starting point in the Huanan market, virus type B is predominant, not, as would be expected, the original virus type A.

 

“All three types of the virus, A, B and C, were detected in China in early cases,” said Peter Forster in an interview with the Süddeutsche Zeitung . He sees no reason to doubt that the epidemic started there. “From a genome sequencing perspective, Wuhan isn’t the only and best candidate to start the outbreak,” he adds. Virus type B, which developed from type A through mutations, is dominant in Wuhan. “However, Type A also occurred early in other regions in China, such as Yunnan and Guangdong.”

 

These two provinces, in turn, considered Shi Zhengli, the virologist from the Institute of Virology in Wuhan known as “bat woman”, with Guangxi because of the subtropical climate and bat occurrence there as areas with the greatest risk of a coronavirus from animals to humans again skips.

 

Quote

Both the Hammar case and Forster’s research also suggest that the infection must have started earlier than previously thought. Hammar already had symptoms on December 20, plus the incubation period. He hadn’t traveled since August 2019, so he must have been infected in France – the doctors have not yet been able to understand the exact infection chains. China reported the first cases to WHO on December 31. However, it is known that there was a confirmed case there on December 1, possibly another in mid-November.

 

Quote

Forster calculated from data from 1000 genomes that the outbreak was 95 percent likely to occur between September 13 and December 7. Another analysis by French and British researchers using similar methods and based on 7,600 virus genomes dates the pathogen to humans between October 8 and December 11.

 

With the analyzes, however, only derivations from existing genomes are possible. Estimates of the onset of the epidemic suggest that there must be previous genomes that have not previously been included. They could contain valuable information about the emergence and development of the pandemic. “What we have to do is look into the freezers of the hospitals,” says Forster – exactly what the doctors in France did, that is, examining samples of suspicious cases that have not been clarified.

 

Last but not least, that would be interesting in China. In Germany, the first such investigations have been carried out at the beginning of the crisis SZ-Information from government circles yielded no positive results. However, individual cases such as the one in France can make a significant contribution to tracking the spread of the virus. A comprehensive analysis of suspected cases would be necessary. Genome analysis also suggests that there may be a previously undocumented, genetically similar coronavirus in bats that has spread to humans. Finding this would be the answer to the puzzle.

 

https://www.pnas.org/content/117/17/9241

 

Edited May 9, 2020 by wwww

[wwww]

https://www.fiercepharma.com/pharma/regeneron-scales-up-manufacturing-eyes-human-tests-covid-19-antibody-coktail-june

Regeneron scales up manufacturing, eyes human tests of COVID-19 antibody cocktail in June

Quote

 

After early results in China showed inhibiting IL-6 could manage a potentially deadly immune overreaction in serious COVID-19 patients, Regeneron and partner Sanofi started a phase 2/3 trial of their rheumatoid arthritis therapy Kevzara, following a similar move by Roche with rival med Actemra.

But perhaps more promising is Regeneron's potential antibody cocktail, which it's aiming toward its first human tests next month—and amping up production to be ready for its close-up.

“[W]e have been working to clear manufacturing capacity in our New York plants so that we can make it at large scale,” CEO Len Schleifer said during the company's Q1 earnings call, adding that Regeneron hopes to have “a couple of hundred thousand doses” by the end of summer.

 

Early clinical data from France recently showed promise for Actemra. In a study of 129 patients who had moderate-to-severe COVID-19 pneumonia by Paris university hospital trust, researchers said Actemra showed clear “clinical benefit” at reducing the number of deaths or life support interventions compared with standard of care.

 

Separately, though, Regeneron has designed two antibody cocktail therapies by selecting from hundreds of neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 from a mouse model and from humans who have recovered.

“We have already begun large-scale manufacturing and anticipate initiating clinical trials with the lead cocktail in June,” Schleifer said during the earnings call.

The therapies were designed based on the same antibody platform behind Regeneron’s Ebola candidate REGN-EB3, which was recently accepted by the FDA for priority review after outperforming Mapp Biopharmaceutical’s ZMapp.

 

Regeneron’s planning to test the antibody cocktail in three different clinical programs, R&D chief George Yancopoulos explained. First, it will study the drug as a prophylactic measure to prevent infection in individuals at high risk. Second, it plans to use it in mild patients who are sent home after diagnosis, to see whether the therapy can cut the risk of their being hospitalized.

In a third project, Regeneron wants to follow a path similar to Gilead Sciences’ remdesivir approach, to evaluate whether the antibody cocktail can improve clinical outcomes in hospitalized patients.

 

 

Quote

Regeneron is neck in neck with several other players in the COVID-19 antibody arena. AstraZeneca is expecting a summer trial start for its own neutralizing antibody drug. In two separate deals, Eli Lilly has teamed up with AbCellera and China's Junshi Biosciences, eyeing clinical trials in the summer or a U.S. clinical trial application in the second quarter, respectively. Korea's Celltrion is also eyeing the July time frame for its in-human study.

 

 

Edited May 10, 2020 by wwww

[wwww]

 https://www.fiercepharma.com/pharma/sanofi-regeneron-scale-back-kevzara-study-after-disappointing-results-severe-covid-19

After disappointing early numbers, Sanofi and Regeneron scale back Kevzara's COVID-19 test

Quote

Sanofi and Regeneron had high hopes for IL-6 inhibitor Kevzara's chances as a repurposed therapy for COVID-19 patients after anecdotal results in China showed promise. But now, the drug has hit an early hurdle in the U.S. 

 

Sanofi and Regeneron will scale back a late-stage trial of Kevzara after its phase 2 precursor showed negligible results in treating "severe" COVID-19 patients requiring oxygen therapy, but not more intensive treatment, the drugmakers said Monday. 

The phase 3 stage of Kevzara's U.S. coronavirus program will now include only patients rated as "critical," meaning they require ventilation or ICU care. The phase 3 trial will also strip out  a 200-mg dose, which showed little efficacy at the phase 2 stage. 

 

In the phase 2 trial, preliminary data showed intravenous Kevzara lowered C-reactive protein in both severe and critical patients, an inflammation biomarker found at high levels in some COVID-19 patients. However, clinical outcomes in the severe arm of the study––including lowering the risk of ventilation and death––showed "negative trends" compared with positive outcomes in the critical arm, the drugmakers said.

 

Most confounding for Sanofi and Regeneron, those negative results in severely ill patients didn't carry over into the ongoing phase 3 study, where preliminary outcomes were "better than expected," they said. Still, after an independent data monitoring committee recommended the trial changes, no additional severe patients were enrolled. 

 

The phase 3 U.S. study continues to enroll critical patients, though, the drugmakers said. The aim is to eventually treat around 600 of them. Early results from that study are expected in June. 

Meanwhile, the drugmakers are still awaiting results from a phase 2/3 study of COVID-19 patients abroad. The ex-U.S. Kevzara trial, which dosed its first patient in late March, will enlist severe or critically ill patients who've been hospitalized in Italy, Spain, Germany, France, Canada, Russia, Israel and Japan. 

That adaptive trial will eventually enroll around 300 patients and study intravenous Kevzara as an add-on to supportive care, Regeneron said, but its design may change in light of the U.S. monitoring committee's recommendations. 

 

Kevzara is one of a group of IL-6 inhibitors targeted for COVID-19 trials alongside Roche's Actemra and EUSA Pharma's Sylvant after anecdotal results in China showed early promise in treating the disease. 

 

 

Edited May 10, 2020 by wwww

[wwww]

Francuska studija:

https://www.aphp.fr/contenu/le-tocilizumab-ameliore-significativement-le-pronostic-des-patients-avec-pneumonie-covid

 

google prevod:

Quote

Tocilizumab significantly improves the prognosis of patients with moderate or severe COVID pneumonia

In patients with COVID-19 pneumonia, an immunological "cytokine storm" is thought to lead to acute respiratory failure and death. The CORIMUNO-19 platform was designed and quickly set up to test the efficacy and tolerance of various immunomodulatory drugs and other treatments in adult patients with severe COVID 19 infection, thanks to a series of Multicenter randomized controlled trials, which started on March 27, 2020. This release concerns an open multicenter randomized controlled trial of tocilizumab, a monoclonal antibody that blocks the receptor for cytokine interleukin-6, and which is used in particular in the treatment of polyarthritis rheumatoid.

Patients were selected on the basis of hospitalization for moderate or severe COVID-19 pneumonia, but did not require resuscitation at the time of admission. The primary endpoint was the combination of the need for ventilation (mechanical or non-invasive) or death on D14.

A total of 129 patients were randomized: 65 for usual treatment + tocilizumab and 64 for usual treatment. The primary efficacy endpoint was achieved in a significantly lower proportion of patients in the tocilizumab arm.

The results of this trial will be submitted for publication in a peer-reviewed journal. These results should be independently confirmed by additional trials. Given the context of the pandemic, the researchers and the sponsor felt obliged, from an ethical point of view, to communicate this information, while awaiting peer review while continuing the longer follow-up of these patients. Other CORIMUNO trials testing other inhibitors of IL-6 receptors and other immunomodulators are currently being analyzed.

Tocilizumab and 4,000 Elecsys dosages of Interluekin 6 were provided unconditionally by the Roche laboratory, which was not involved in the design of the test, data collection, analysis, interpretation, writing the manuscript or in the governance of the essay

AstraZeneca targets summer start for COVID-19 antibody trial

https://www.fiercebiotech.com/biotech/astrazeneca-targets-summer-start-for-covid-19-antibody-trial

 

Lilly and Junshi Biosciences to Co-develop Antibody Therapies for the Prevention and Treatment of COVID-19

https://investor.lilly.com/news-releases/news-release-details/lilly-and-junshi-biosciences-co-develop-antibody-therapies

 

Celltrion plans July COVID-19 trial, advances 'super antibody'

https://www.fiercebiotech.com/biotech/celltrion-plans-july-covid-19-trial-advances-super-antibody

 

 

[ciao]

On 5/7/2020 at 9:01 PM, wwww said:

U Hamburgu su poceli da vrse obdukcije preminulih (preko 170) od covid-19.  ...

 

 

Naisla sam na jedan "sazvakan" teskt o ovim rezultatima i  slicnim rezultatima detaljno uradjenih u Svajcarskol - Cirihu i Bazelu

 

https://www.sciencesetavenir.fr/sante/covid-19-les-autopsies-revelent-la-dimension-vasculaire-de-la-maladie_144114

 

Dosli su do zakljucka da ustvari nije glavni problem to sto virus napada pluca nego kazu da virus na prvom mestu napada krvne sudove - endotelium, i na tajj nacin napada posle srce, pluca i sve ostalo.  izgleda da su najugrozeniji ljudi koji imaju probleme sa krvnim sudovima.

 

Jako mnogo se ocigledno radi na virusu i istrazuje i saznaje ali se i otkriva koliko je sve komplikovanije i drugacije nego sto je izgledalo posle prvih istrazivanja.

 

Takodje izgleda da je vakcina sve dalja, da bi mogli da naprave vakcinu kao prvo mora naravno dobro da se poznaje virus sto ocigledno jos uvek nije slucaj. Procitah negde da je jedan pokusaj vakcine koji je vrlo obecavao potpuno napusten jer se ispostavilo da ta "vakcina" ne samo da ne stiti nego naprotiv olaksava virusu da se zakaci; sada rade neke potpuno nove prilaze vakcini ali to su tek dugotrajna istrazivanja

[Tomiprunet]

hmmmu pocetku je isla vest da se ne uzima Aspirin, vec da je bolji Paracetamol. Ispast ce da je bolje uzimati Aspirin jer on razredjuje krv

[wwww]

sad bio prilog s Uni klinike u Kelnu. Profa koji se brine za covid-19 pacijente kaze da su primetili neke vrlo neobicne tokove bolesti, narocito kod mladjih pacijenata, s bitnim slabljenjem funkcija raznih organa. Npr. primetili su gubitak pamcenja, gubitak vida itd. Jedan pacijent na pocetku 50-tih bez ikakvih prethodnih bolesti je vec 8 sedmica na intenzivnoj nezi. Prvo se oporavljao o teske upale pluca, a onda je (delimicno) izgubio vid (ili mozda za stalno). MRT pokazao ostecenje na mozgu u predelu centra za vid. On nije jedini kod koga su videli male trombove u mozgu. Drugo objasnjenje je da je virus direktno napao mozak.

(ocigledno su i tv kuce primetile da se narod previse opustio, narocito omladina, tako da sad prikazuju i ovakve priloge, koje su ranije izbegavali, da ne bi sirili paniku)